Il s’installe à Guéret le 19 pluviôse an II, quitte la Creuse le 27 ventôse et s’installe à Montluçon puis à Cusset.
Il se heurte à des difficultés quant à la mise en place des institutions et se plaint à la Convention que les sociétés populaires creusoises n’aient pas assez d’énergie et déclare qu’il va « tâcher de ranimer l’esprit républicain (2).
Les administrations bien que patriotes sont faibles, manquent de connaissances et d’instruction, d’énergie, de hardiesse. Les lois sont exécutées avec lenteur. J’ai déjà épuré les autorités du district de Guéret et de la Souterraine, je vais continuer dans les autres districts... »
 Il écrit que le Peuple est calme et tranquille dans la Creuse, placé au centre de la République et pourvu qu’il y ait du pain, on ne doit pas craindre la contre-révolution ni l’aristocratie. Le 25 pluviôse an II, il demande à la Convention d’accélérer les moyens de procurer des subsistances à ce département réduit à la disette la plus affreuse.

Vernerey montre une certaine modération et justice. Il constate les abus de pouvoirs commis dans le pays et fait relâcher des suspects coupables de tiédeur ou de propos équivoques, d’individus arrêtés par suite de haines particulières et de passions individuelles, ce qui vaut à Vernerey d’être accusé de faiblesse.

Cependant son passage est marqué par une seconde flambée déchristianisatrice et il intervient tardivement dans des sites jusqu’alors relativement préservés : « J’ignore quelle était l’espèce de réputation qui m’y avait précédé. 20 curés avaient abdiqué et leurs paroisses fermées... J’espère ne pas quitter ce département que la presque totalité n’ait imité cet exemple et avec de la prudence, le fanatisme, vous pouvez y compter, expirera ici sans convulsion… (Guéret 11 ventôse an II)
Il prend un arrêté sommant les prêtres de se retirer dans le mois à trois lieues au moins du territoire de la paroisse où ils exerçaient leurs fonctions. Les prêtres des départements voisins qui avaient jusqu’alors trouvé refuge dans la Creuse durent se retirer dans la quinzaine au lieu de leur naissance.

Le représentant en mission ne fut guère terrible bien que dans ses pérégrinations il se faisait suivre de deux pièces de canons… Le représentant Vernerey rentre à la Convention le 8 messidor an II.

(1) Aulard, PV du comité de Salut PublicTome X p.663
(2) Sources : Archives Nationales AF II-175